こんばんわ、開発の徳山です。
弊社でMovableTypeを導入してから早数年、気がつけばWordPressの導入し、扱いの差というものがなんとなく見えてきました。（あくまで主観ですが）

【WordPress】
あくまで1ブログの扱い。
新着情報など1コンテンツでの投稿、編集であり、出力するページも一覧と詳細のシンプルなものなら導入にはいいのかもしれません。
・・が、ちょっとした機能などを作りこむだけでとてつもなく繊細なロジック構築が必要。
共通のhedder.phpやfotter.phpなの記載の仕方がコンテンツ部分に影響してうまくいかなかったり、
何より、カテゴリを追加したら増えた分のテンプレートの分配を記載しなくてはならない等。。
また、出力されたページが動的ページなため、閲覧時に各パーツを組み合わせて一つのページを表示させる。
このため、作りによって表示までにものすごく重かったりなどの不具合も引き起こす恐れがある。
テンプレートの作り方の問題もあるかもしれないが、つまりは凝ったページを作るのが難しいということにもなる。

ただ、一点なるほどと思ったモノはRSS配信に関してはテンプレートを用意しなくても、 URLの末尾に

「RSS2.0」の場合
feed/
「RSS0.92」の場合
feed/rss/
「Atom0.3」の場合
feed/atom/

と、記載すればいいだけ。これは便利。
ただ作りこみが必要なものは各所に細かくロジック記載しなければいけないのが何とも言えない。。

【MovableType】
Webサイトというくくりの中にブログを複数所持し、テンプレートを複数出力することができる。
このテンプレートを設定出力するファイルは文字通りなんでもいい。
HTMLやPHPファイルはもちろん、JSファイル、CSSファイル、TXTファイル、CSVファイルなどなどなどなんでも出力できる。
これを利用すると考え方によって多彩な仕様のサイトを作ることが出来る。
作りによってはECサイトを構築することも可能かもしれない（ただし、購入ロジックは別で組む必要はありますが）
基本テンプレートを組めば管理画面操作のみでの管理が可能、カテゴリを増やせば公開側で自動で増える（当たり前ですね。。）
欠点と言えば再構築、作りによっては再構築に時間がかかっていったり、Internal Servar Errorを引き起こす可能性もある。
ただしこれは管理側の問題なので出力されたページが表示されないなどの不具合は基本発生しない。
世に再構築でエラーが出てしまうという点は、経験上テンプレートの作りに問題があると思われます。
なので、テンプレートさえしっかりしたものを作れればその点はおのずと解決していくと思います。

どっちも開発に携わってみて思ったことは自由度の高さが違いすぎる点。
縛りのあるWordPressは縛りの中でしか作業ができない、MovableTypeは作ろうと思えば大抵のサイト構築も可能だと思います。
プラットフォームで利用する点で悩む場合は、その点を踏まえて選定する必要があると思います。
商用利用の場合MovableTypeでは利用料金が発生すると思いますが、それを払うか払わないかでサイト構築の幅が大きく違うと思うので、
費用対効果で考えればおのずと考えは固まってきますよね。